"آي إس بي" و"إي تي إتش زيوريخ" يضعان خريطة البروتيوم البشري

سياتل، 19 سبتمبر 2010 [ME NewsWire]:

(بزنيس واير) – أعلن كل من معهد بيولوجيا الأنظمة (ISB) في سياتل بولاية واشنطن، والمعهد الفدرالي السويسري للتكنولوجيا (ETH Zurich) في زيوريخ - سويسرا، اليوم خلال المؤتمر العالمي السنوي التاسع لمنظمة البروتيوم البشري (HUPO) والذي عقد في مدينة سيدني بأستراليا، أنهما قد أتما المرحلة الأولى من وضع خريطة كاملة للبروتيوم البشري عن طريق قياس الطيف الكتلي. وستكون كل هذه البيانات متوفرة أمام مجتمع الباحثين من خلال قاعدة بيانات SRMAtlas الخاصة بمعاهد ISB/ETH (www.srmatlas.org) كجزء من مشروع أطلس PeptideAtlas من معاهد (www.peptideatlas.org).

وأفادت المجموعتان أنهما قامتا بوضع مرجع للطيف الكتلي من "المعيار الذهبي" لكل من الجينات البالغ عددها 20,300 التي يشار إليها كبروتينات ترميز في الجينوم البشري. وستقوم هذه الخريطة المرجعية بتمكين الباحثين من كشف وتحديد أي بروتين بشري في أي عينة بيولوجية من خلال استخدام تقنيات قياس الطيف الكتلي المستهدفة مثل رصد ردود الفعل المختارة (SRM)، وتحليل البيانات التي تم الحصول عليها بواسطة تقنيات قياس الطيف الشامل الكلاسيكية بطريقة أسرع وأكثر اعتماداً. وقام كل من روبرت موريتز، الأستاذ المحاضر الحائز على شهادة الدكتوراه من معهد (ISB)، والبروفيسور رودي آبرسولد الحائز على شهادة الدكتوراه من معهد "إي تي إتش" (ETH) بالتعاون مع فرق عملهم وشركائهم بإيجاد أكثر من 150,000 تجربة قياس لرصد رد الفعل الانتقائي (SRM)، بما في ذلك واحد لكل ما لا يقل عن خمسة بروتيومات خاصة بكل بروتين.

وبالإضافة إلى ذلك، قاما بإيجاد طرق قياس SRM خاصة لاستهداف جميع أغشية البروتينات التي قد تحتوي على الكربوهيدرات المرتبطة بمواقع N-glycosylation.  كما أنهما قاما بتوسيع نطاق المقايسات لاستهداف معظم الطفرات الناشئة على الأحماض الأمينية والناتجة عن تغيرات طرأت على حرف واحد في رمز الحمض النووي للجينات (الأشكال المتعددة للتركيبات النووية المنفردة SNP)  التي يمكن العثور عليها بين البشر بنسبة 30%. وتشكل جميع هذه المقايسات مجتمعة، أكثر الموارد المتاحة للجمهور شمولية فيما يتعلق بالأبحاث الخاصة بالبروتيوم البشري حتى يومنا هذا.

وشكلت إتاحة جميع الجينات البشرية المتاحة أمام علماء الأحياء من أهم المساهمات الأساسية في مشروع الجينوم البشري، وبالمثل، فإن هذا المشروع البروتيوم البشري سوف يجعل البروتينات في نهاية المطاف متاحة أمام جميع علماء الأحياء.

وقام فريق العمل في "آي إس بي" ISB تحت قيادة روبرت موريتز بتطوير طريقة العمل بالتعاون مع رودي آيبيرسولد وفريقه لدى معهد "إي تي إتش". ويعتبر رودي آيبيرسولد أحد مؤسسي "آي إس بي" ISB وأستاذ بيولوجيا الأنظمة في المعهد الفدرالي السويسري للتكنولوجيا (ETH-Zurich) هو أحد العاملين على مشروع أطلس SRM إلى جانب لي هود رئيس "آي إس بي" ISB. وكان د. آيبيرسولد من أوائل للذين عملوا على تأمين موارد عامة لدعم الأبحاث المتعلقة بالطيف الشامل للبروتيوم البشري.

وقد قامت المراكز الوطنية لأبحاث الجينوم البشري الموجودة في معاهد الصحة الوطنية بدعم مشروع "آي إس بي" ISB وتبرعت بملغ 2.7 مليون دولار كتمويل مباشر في إطار قانون الإنعاش وإعادة الاستثمار الأميركي الصادر في عام 2009. أما مشروع معهد "إي تي إتش" فقد حظي بمنحة تحمل رقم 233226 من قبل "إي آر سي أدفانسد بروتيوميكس" 3 by ERC Advanced Grant Proteomics v3.o تصل قيمتها إلى 2.4 مليون يورو لمدة 5 سنوات.

كما حظي المشروع بدعم من قبل شركتين رائدتين في مجال التكنولوجيا وهما "أجيلنت تكنولوجيز" Agilent Technologies  وشركة AB/SCIEX اللتين قدمتا أدوات دعم لكل من معهدي “آي إس بي” ISB و"إي تي إتش زيوريخ" ETH Zurich من خلال شركات توريد "الببتيد تيرمو فيشر" Thermo-Fisher وشركة "جي بي تي" JPT على التوالي و من قبل شركة التوريد البيولوجي "أوريجن" OriGene التي تقدم تنقية البروتينات البشرية.

وستقوم الخريطة الكاملة للبروتيوم البشري وأطلس S/MRM بتزويد الباحثين بمجموعة شاملة من المعلومات والمقايسات لكشف وتحديد أي بروتين بشري في أي عينة بيولوجية. وسيؤدي هذا التطور المهم إلى تنمية إلى حد كبير استنساخ وموثوقية الأبحاث المتعلقة بالبروتيوم، وبالتالي تسريع الأبحاث الأساسية والانتقالية على حد سواء وبشكل كبير. وقد تمكن الفريق من استخلاص أفضل الببتيدات التي تميز البروتينات استخدامها في أطلس SRM حيث لا وجود لبيانات فعلية وذلك من خلال دعم أطلس معهد "آي إس بي"  ISB للبيبتيدات للعشرة آلاف بروتين بشري المعروفة الذي وضعه البروفسور آبرسولد في عام 2003 واستكمال هذه المعلومات مع الجداول الحسابية للتنبؤ بالببتيد التي قامت البروتينات البشرية المتبقية بتطويرها من خلال تحليل المعلومات الحيوية من قبل الباحثين في المعهد ومعاونيهم. وتتضمن المجموعة الكاملة ما لا يقل عن 5 بيبتيد لكل بروتين.

وبالإضافة إلى ذلك، ستسمح الأدوات للباحث اختيار أفضل تحولات الببتيد من أجل تحديد تلك الببتيدات في خليط معقد بشكل فريد.

سيصدر هذا الأطلس من خلال الموقع الإلكترونيSRMAtlas  وتعتبر جميع المعلومات عن المشروع بمثابة معلومات مفتوحة المصدر.

إن نص اللغة الأصلية لهذا البيان هو النسخة الرسمية المعتمدة. أما الترجمة فقد قدمت للمساعدة فقط، ويجب الرجوع لنص اللغة الأصلية الذي يمثل النسخة الوحيدة ذات التأثير القانوني.

لاستفسارات الإعلام، الرجاء الاتصال بـِ:

معهد بيولوجيا الأنظمة (ISB) تود لانجتون هاتف: 1200 732 206 1+ أي تي إتش زيوريخ ومعهد بيولوجيا نظم الجزيئيات ETH Zurich, Institute of Molecular Systems Biology هاتف: 3170 633 44 41+